発表データ
2018 夏のセミナー 神経病理ハンズオン
デジタルパソロジー概要と脳神経病理DBの活動について
公益財団法人東京都医学総合研究所 神経病理解析室 小島 利香
脳神経病理データベース
神経病理解析室
神経病理解析室は、旧研究所から引き継いだ約5000例のヒト脳神経疾患の病理標本やブロックなどの貴重な研究資産を所有しており、現在約2000枚の画像データを作製している。
これらのデータをサーバに搭載することにより脳神経病理データベースを構築し、医学教育などに活用している。
デジタルパソロジー の活動は、2007年にバーチャルスライド 機器を購入し、2012年にデータベース運営を事業化した。
東京都医学研・脳神経病理DBのアクセス解析
脳神経病理データベースでは毎月のアクセス解析を出している。これは2017年1月1日から12月31日までの一年間でのアクセス解析結果である。
ユーザー数は年々増加しており、前年と比較するとユーザー数は約13%増加、アクセスも9%の増加となっている。
WSIの作製手順（Aperio ScanScope）
神経病理解析室でのWSI作製手順を紹介する。
- 前処理として標本を磨く。カバーガラス上に付着した余分な封入剤をカミソリで削って、アルコールで表面を拭いて綺麗にする。
- 専用のホルダーにセットして標本をスキャンする。範囲などを細かく設定すると自動でZ軸補正をしながらライン状にスキャンしていく。通常は40倍でスキャンを行っており、切手サイズの組織でスキャン時間は１枚30分程度、容量は1〜10GB程度となる。
- スキャンした画像はScanScope専用のSVS形式で保存されている。このSVS形式を JPEGやTIFFといった一般的な拡張子に変換する。
- その後、Photoshopで画像に解説を加えて、Zoomify機能を付ける。Zoomifyに書き出すとJPEGとHTMLファイルが作製されるので、それをサーバに搭載している。
Zoomify機能を使った学習コンテンツ
我々はWSIを使った学習用コンテンツを作製しており、Zoomifyという特徴的な機能をつけている。
Zoomifyとは、ピクセル数の多い大容量画像ファイルの画質を劣化させることなく、地図サイトなどで使用されているようなZoom &Pan（拡大・縮小と視野移動）で詳細に表示することができる機能である。
Zoomify機能のついた学習用コンテンツでは、弱拡大で画像のどこを観察すべきかの目印がついており、そこを拡大していくと強拡大で細胞の解説が表示されるようになっている。
WSIにこのように細かいアノテーションを付けることにより、初学者がWSI上で迷子になることなく目的のものを観察できようになる。
